HJCB  >> Vol. 4 No. 2 (June 2014)

    分子生物学二次数据库资源平台的构建
    Construction of Molecular Biology Secondary Database Resources Platform

  • 全文下载: PDF(720KB) HTML    PP.32-41   DOI: 10.12677/HJCB.2014.42004  
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作者:  

杜晶:新疆师范大学计算机科学技术学院,乌鲁木齐;
曹兴芹:长江大学计算机科学学院,荆州

关键词:
生物信息学分子生物二次数据库BioPerlMVC模型Bioinformatics Molecular Biology Secondary Database BioPerl MVC Model

摘要:

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。

In bioinformatics, bio-secondary database can build more in-depth study of specific species. Response to the urgent need to build a platform for molecular biology secondary database resources, molecular biology secondary database was constructed by using biosql; using tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql technology and MVC development model in order to achieve a gene as an example of resilience web resource database platform. The platform is built to solve the molecular biology and genetic data resilience secondary database obtain automatically, researchers can receive timely retrieval of data quickly upload and resilience genes. The platform can also be applied to other types of molecular biology to accelerate research on a range of molecular biology, making research more targeted.

文章引用:
杜晶, 曹兴芹. 分子生物学二次数据库资源平台的构建[J]. 计算生物学, 2014, 4(2): 32-41. http://dx.doi.org/10.12677/HJCB.2014.42004

参考文献

[1] 罗静初 (2000) 分子生物信息数据库. The 2nd Cross-Straits Symposium on Biology-Inspired Laboratory Workshop,中国高等科学技术中心, 41.
[2] 邢仲璟, 林丕源, 林毅申 (2004) 基Bioperl的生物二次数据库建立及应用. 计算机系统应用, 11, 58-60.
[3] 周猛, 童春发, 施季森 (2008) 充分利用Bioperl加速生物信息学的研究. 生物信息学, 1, 43-45.
[4] 白琳 (2012) 植物抗逆基因资源平台的构建与分析. 浙江大学, 杭州.
[5] BioPerl. Installation. http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl
[6] 孙啸, 陆祖宏, 谢建明 (2005) 生物信息学基础. 清华大学出版社, 北京.
[7] 向福, 陈悟, 余龙江 (2004) 基于Bioperl的基因序列获取的程序设计与实现. 生物技术, 6, 64-66.
[8] biosql操作指南. http://www.biosql.org/wiki/Main_Page
[9] 郭文久 (2007) Perl语言环境下生物信息学的数据库技术. 安康学院学报, 5, 74-78.
[10] 贾广宇 (2006) MVC设计模式下Web开发框架的研究与应用. 大连海事大学, 大连.
[11] 宋利军 (2003) RedHat Linux 9.0实用教程. 科学出版社, 北京, 121-122.
[12] Gibas, C. and Jambeck, P. (2002) Developing bioinformatics computer skills (影印版). 科学出版社, 北京, 331-349.