摘要: 目的：了解2020年1~3月北京市朝阳区监测人群29种呼吸道病原感染情况。方法：采集412例监测人员呼吸道标本并提取核酸，使用实时荧光定量PCR同时检测29种呼吸道病原体。单因素分析使χ2检验或Fisher确切概率法，检验水准为α = 0.05，统计软件为SPSS 26.0。结果：412份标本中病原体阳性检出率62.38% (257/412)，其中细菌、病毒、非典型病原体阳性检出率分别为37.38% (154/412)、21.12% (87/412)、35.92% (148/412)。不同年龄段多病原体检出率具有统计学意义差异，99份标本显示混合感染24.03% (99/412)，非典型病原体合并细菌检出率57.58% (57/99)、新型冠状病毒合并其他病原体感染占44.44% (44/99)。结论：北京市朝阳区2020年1~3月412例监测人群29种呼吸道多病原谱以真菌、新型冠状病毒、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌为主；不同年龄段病原体检出率具有差异；混合感染多非典型病原体合并细菌为主。
Abstract:
Objective: To investigate the spectrum of 29 respiratory pathogens in 412 cases of COVID-19 in Chaoyang District, Beijing from January to March in 2020. Methods: I. Nucleic acids were extracted from 412 samples and 29 respiratory pathogens were detected by real-time quantitative PCR. II. SPSS26.0 software was used for univariate analysis, χ2 test or Fisher exact probability method, and the test level was α = 0.05. Results: The detection results of 29 respiratory pathogens from 412 samples showed that the detection rate of positive samples was 62.38% (257/412). The detection rate of bacteria positive samples was 37.38% (154/412). The detection rate of virus positive sam-ples was 21.12% (87/412). The positive rate of atypical pathogens was 35.92% (148/412). There was no difference in the detection rate of multiple pathogens among different genders. The detec-tion rate of multiple pathogens in different age groups was statistically significant. The detection rate of mixed infection was 24.03% (99/412), and the detection rate of atypical pathogens with bacteria ranked the first, with 57.58% (57/99). 2019-nCoV was associated with other pathogens in 44.44% (44/99). Conclusion: There were 29 respiratory pathogens detected in 412 cases of COVID-19 in Chaoyang from January to March 2020, mainly fungi, 2019-nCoV, Staphylococcus aure-us, Haemophilus influenzae and Escherichia coli. The difference of detection rate of pathogens among age groups was significant. Mixed infections are mainly caused by atypical pathogens and bacteria.
1. 前言
呼吸道感染(Respiratory Tract Infection, RTI)疾病历年来是传染病领域中的主流，2003年SARS、2009年甲型流感、2019年新型冠状病毒肺炎等，均为颇受关注的突发公共卫生事件。细菌、病毒、支原体、衣原体和真菌等均能导致RTI，其中病毒感染约占70%~90% [1] [2] [3] [4] ，另有20%~30%由细菌或非典型病原体引起。近年来，合并感染逐年增多，以非典型病原体合并细菌感染为主 [5] [6] 。RTI分上呼吸道感染(Upper Respiratory Infection, URI)和下呼吸道感染(Lower Respiratory Infection, LRI)。URI、LRI均为临床常见的传染性疾病，其中LRI致病性和死亡率疾病均较高。2015年全世界近3亿RTI病例，274万人死于LRI [7] [8] ，病死率0.9%。2019年世界卫生组织(WHO)报道，LRI位居全球十大死因的第四位，死亡人数达260万。此外，RTI相关性肺炎是发展中国家<5岁儿童死亡的主要原因 [9] [10] ，每年导致70万儿童死亡，全世界有超过600万儿童因LRI致残 [11] 。
本研究拟对朝阳区重点监测人群进行呼吸道多病原谱分析，了解2020年1~3月新冠肺炎疫情期间相关监测人群的29种病原体的携带情况。
2. 材料与方法
2.1. 研究对象
2020年1~3月北京市朝阳区26家医疗机构发热门诊以及新冠肺炎定点隔离医院和2个集中隔离点412例监测人群，包括241份鼻咽拭子标本、171份痰标本。按照知情同意的原则，收集被监测人员的性别、年龄等人口学信息，采集标本前口头告知被监测人员检测项目与目的，经被监测人员同意后进行标本采集。
2.2. 实验方法
所有标本56℃水浴30 min，取25 mL溶菌酶(20 mg/mL)加入200 mL标本中，36℃孵育30 min，DNA和RNA提取的操作步骤按照试剂盒说明书。利用呼吸道多病原荧光定量核酸检测试剂盒，采用荧光定量PCR方法同时检测29种呼吸道病原体(表1)。
Table 1. Results of multi-respiratory pathogens nucleic acid detection among 412 cases
表1. 412份监测标本呼吸道多病原检测情况
*无χ2值为Fisher确切概率法。
2.3. 统计分析
采用SPSS 26.0软件进行统计学分析，应用χ2检验或Fisher确切概率法进行单因素分析，检验水准α = 0.05。
3. 结果
本次研究共计纳入412例相关监测人群，其中男性218例、女性194例，监测人群年龄分布与29种病原体具体检出情况见表1。
不同性别之间各病原体检出率无显著性差异(表1)。EC、2019-nCoV和E. coil在五个年龄段检出率有显著性差异。EC在5~年龄段检出率较高，E. coil在65~年龄段检出率较高，2019-nCoV在40~年龄段检出率较高(表1)。
412份标本中2种及以上病原混合感染检出率为24.03% (99/412)，以非典型病原体合并细菌为主，检出率57.58% (57/99)；2019-nCoV合并其他病原体感染占44.44% (44/99) (表2)。
Table 2. Detection of 19 pathogens in 99 mixed infection cases
表2. 99混合感染份标本19种病原体检出情况
4. 讨论
本研究对2020年1~3月北京市朝阳区26家医疗机构发热门诊以及新冠肺炎定点隔离医院和2家集中隔离点相关412例监测人群的241份鼻咽拭子标本和171份痰标本进行29种病原体检测，共检出19种病原体。由于防控需求和生物安全考虑，所有标本检测前经过56℃，30分钟灭活，实时荧光定量PCR方法进行核酸检测。此方法、灵敏度相对较好、检出率较高，病原体总体检出率62.3%，高于北京市赵小娟等 [12] 研究结果(26.78%)，可能原因在于本研究选取1~3月北京市RTI感染的冬春高发季节标本，检测病原体种类多有关。
细菌总检出率37.38% (154/412)，低于北京地区70.1%的报道 [13] ，可能与后者研究人群主要是60岁以上免疫力低下人群；高于天津市20.1% [5] 和河北石家庄市24.5% [14] 。菌种分布方面，检出率从高到低依次是SA、HIB、E. coil、KP。与上述俩报道相符 [13] [15] 。结合本研究显示，SA、HIB、E. coil、KP仍是RTI主要病原体，提示北京地区应加强对SA、HIB、E. coil、KP细菌性病原体检测。
病毒总检出率21.12% (87/412)，低于北京地区48.9% [12] 和28.3% [16] 。病毒检出中2019-nCoV构成比最高。可能在新冠肺炎疫情期间患者个人就诊意愿发生了变化，《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》中将有发热、肺炎影像学特征、发病早期白细胞总数正常或降低，或淋巴细胞计数减少相关症状人群；无明确流行病原史；均纳入疑似病例进行排查，许多有发热、咳嗽的患者多居家自行服用药物缓解症状，拒绝到医院就医，可能是病毒检出率下降的一个原因。
非典型病原体总检出率35.92% (148/412)，真菌检出率较高占比93.92% (139/148)。该结果与北京既往研究中MP是非典型病原体检出主要病原体 [15] [16] [17] 的结果不一致。真菌是一种常见RTI机会致病菌，极易与其他病毒发生合并感染，2003年SARS事件，真菌感染是患者死亡的重要原因，在所有死因中占25.0%~73.7% [18] [19] [20] 。提示不同国家不同地区应警惕真菌感染。
混合感染检出率28.64% (118/412)，高于北京地区5.29% [2] ；以非典型病原体合并细菌为主，有研究表明RTI病程迁延和病情加重的风险因素可能是真菌感染后继发侵袭性细菌感染引起的 [21] 。提示，真菌混合其他病原体感染不容忽视。
本研究检测呼吸道多病原利用PCR方法，与传统细菌分离培养方法比，具有灵敏性好、检出率高、诊断迅速等特点，还可以同时检测出多种病原体，利于对病原体混合感染情况分析；在多病原检测方面，本研究可检测29种病原体，几乎囊括大部分呼吸道病原体，可以为往后展开病原体深入研究提供参考；遗憾的是仅对1~3月份的数据做了分析，不能在时间跨度上展开分析。
综上所述，2020年1~3月北京市朝阳区412例新型冠状病毒肺炎疫情相关监测人群29种呼吸道多病原谱中细菌和非典型病原体检出率较高，呼吸道病原谱以真菌、SA、E. coil和HIB为主；混合感染多以非典型病原体合并细菌为主。
5. 结论
北京市朝阳区2020年1~3月412例新型冠状病毒相关监测人群29种呼吸道多病原谱以真菌、2019-nCoV、SA、HIB、E. coil为主；不同年龄段病原体检出率具有差异；混合感染多以非典型病原体合并细菌为主。