1. 湖泊是自然生态系统的重要组成部分，湖泊生态文明制度建设是保护湖泊的根本保障
我国是一个多湖泊国家，天然湖泊遍布全国(仅少数省区没有湖泊)，根据第一次全国水利普查数据，全国现有湖面面积1 km2及以上的天然湖泊近2900个，总湖面面积约8万km2，约占全国国土面积的0.85%。湖泊淡水资源量约占全国水资源量的8.5%。
湖泊是自然生态系统的重要组成部分，湖泊是重要的淡水资源库和物种基因库，虽然湖泊的水面面积占流域(区域)总面积的比例不大，但湖泊是流域(区域)生态与环境友好的晴雨表，湖泊既具有提供水资源、调蓄洪水、养殖水产、美化景观等社会经济功能，又具有提供湿地、提供生物栖息地、保护物种基因、净化水体、调节气候、参与水循环等生态功能，因此湖泊是大自然赋予人类的天然宝库，对维持经济社会的持续发展和自然界的生态平衡等方面有着不可替代的作用。
近几十年来,随着经济社会的快速发展、人类活动干扰的加剧、加之人们对湖泊的重要性和湖泊生态系统的脆弱性估计不足、特别是湖泊管理与保护体制机制的缺失(或不顺)，人为造成了湖泊数量减少、湖泊面积缩小(根据水利普查湖泊水面面积与上世纪80年代末遥感影像解译结果的比对分析，约1/5湖泊的水面面积缩小)；湿地萎缩；水体污染和富营养化、水生生物资源衰退；河湖阻隔、洪水调蓄能力降低等一系列社会及生态环境问题，严重威胁湖泊的生存、湖泊生态系统的安全和经济社会的可持续发展。湖泊的未来取决于我们对其的理解程度，以及我们利用生态学原理来明智地管理湖泊的程度。
面对我国日益严重的生态环境问题，党的十八大把生态文明建设纳入中国特色社会主义事业“五位一体”总体布局，要求“大力推进生态文明建设”，提出了包括制度建设在内的生态文明建设的具体内容，认为保护生态环境必须依靠制度；十八届三中全会则单独要求“加快生态文明制度建设”，并提出了制度建设的具体内容，要求改革生态环境保护管理体制，健全生态环境保护的体制机制，建立系统完整的生态文明制度体系，用制度保护生态环境，因此，制度建设是生态文明建设的主要任务和重要保障。湖泊生态文明建设是生态文明建设的一部分，因此制度建设也是湖泊生态文明建设的主要任务和重要保障。保护湖泊必须依靠制度，湖泊生态文明制度建设是保护湖泊的根本保障，目前应以国家加快生态文明制度建设为契机，大力推进湖泊生态文明制度建设，创新湖泊管理体制机制，实现用制度尊重湖泊、保护湖泊、修复湖泊生态环境的目标。
2. 湖泊生态文明制度建设的主要内容
2.1. 湖泊生态文明的内涵
深入理解湖泊生态文明的内涵，是推进湖泊生态文明建设的重要前提。目前虽然还没有关于湖泊生态文明的定义，但可以从生态以及生态文明的概念中延伸而来。生态学这个词是德国生物学家厄尔斯特赫克尔于1869年提出的，他将生态学定义为研究自然环境，包括生物与生物之间以及生物与其环境之间相互关系的科学[1] 。那么生态就可以理解为自然环境，包括生物与生物之间以及生物与其环境之间的相互关系。对照生态的概念，湖泊生态就是指湖泊自然环境，包括湖泊范围内的生物与生物之间以及生物与湖泊之间的相互关系。
湖泊生态文明的内涵：文明是人类社会的进步状态，生态文明则是人类文明中反映人类进步与自然存在和谐程度的状态。生态文明的核心问题是正确处理人与自然的关系。生态文明的本质要求是尊重自然、顺应自然和保护自然。“生态文明”的理念是工业社会发展到一定阶段、人与资源环境矛盾日益尖锐的产物，是人们对人与自然的关系特别是传统工业化增长模式导致越来越严重的生态危机进行深刻反思的结果。“生态文明”的概念虽然不是中国共产党首先提出的，但揭示其本质、丰富其内涵，把它作为执政理念上升为国家战略在全社会加以推行，则是中国共产党前无古人的创举[2] 。对照生态文明的概念，湖泊生态文明就是指人类文明中反映人类进步与湖泊和谐程度的状态，核心问题是正确处理人与湖泊的关系，本质要求是尊重湖泊、顺应湖泊和保护湖泊。
2.2. 湖泊生态文明建设的含义
目前还没有关于湖泊生态文明建设的定义，可以从生态文明建设的概念中理解湖泊生态文明建设的含义。“建设生态文明”是中国共产党在2007年的十七大报告中首次提出的；2012年在十八大报告的第八部分“大力推进生态文明建设”中，明确了建设生态文明的原因、目的、要求和具体内容，据此可以把生态文明建设概括为：“生态文明建设是通过优化国土空间开发格局、控制开发强度；改变生产和生活方式全面促进资源节约；加大自然生态系统和环境保护力度、实施重大生态修复工程、扩大森林、湖泊、湿地面积，保护生物多样性；加强生态文明制度建设等措施，扭转生态环境恶化趋势，实现建设美丽家园和经济社会的永续发展”。
对照生态文明建设的含义，湖泊生态文明建设可以概括为：“湖泊生态文明建设是通过优化国土空间开发格局、控制湖泊开发强度；改变生产和生活方式全面促进资源节约；加大湖泊自然生态系统环境保护力度、实施湖泊生态修复工程、扩大湖泊、湿地面积，保护生物多样性；加强湖泊生态文明制度建设等措施，实现建设美丽湖泊和经济社会的永续发展”。
2.3. 湖泊生态文明制度建设的主要内容
湖泊生态文明制度建设的主要内容，可以从生态文明制度建设的主要内容中引伸而来。
2.3.1. 生态文明制度建设的主要内容
党的十八大报告第八部分“大力推进生态文明建设”中，把制度建设作为生态文明建设的内容之一，并提出了生态文明制度建设的总体要求。十八届三中全会的第十四部分是专门论述生态文明制度建设的，提出了制度建设的一系列具体内容，包括健全自然资源资产产权制度等突破性的内容，习近平总书记对健全国家自然资源资产管理体制和完善自然资源监管体制作了进一步的说明。分析十八大报告、十八届三中全会决定以及习近平关于十八届三中全会决定的说明，可以把生态文明制度建设的主要内容总结如下：
1) 要健全国家自然资源资产管理体制
健全国家自然资源资产管理体制是健全自然资源资产产权制度的一项重大改革，也是建立系统完备的生态文明制度体系的内在要求。我国生态环境保护中存在的一些突出问题，一定程度上与体制不健全有关，原因之一是全民所有自然资源资产的所有权人不到位，所有权人权益不落实。针对这一问题，十八届三中全会作出健全国家自然资源资产管理体制的要求，要求对水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然生态空间进行统一确权登记，形成归属清晰、权责明确、监管有效的自然资源资产产权制度。
总的思路是按照所有者和管理者分开和一件事由一个部门管理的原则，落实全民所有自然资源资产所有权，建立统一行使全民所有自然资源资产所有权人职责的体制。
2) 要完善自然资源监管体制
国家对全民所有自然资源资产行使所有权并进行管理和国家对国土范围内自然资源行使监管权是不同的，前者是所有权人意义上的权利，后者是管理者意义上的权力。这就需要完善自然资源监管体制，统一行使所有国土空间用途管制职责，使国有自然资源资产所有权人和国家自然资源管理者相互独立、相互配合、相互监督。
由一个部门负责领土范围内所有国土空间用途管制职责，对山水林田湖进行统一保护、统一修复是十分必要的。
3) 改革生态环境保护管理体制。建立和完善严格监管所有污染物排放的环境保护管理制度，独立进行环境监管和行政执法。建立水陆统筹的生态系统保护修复和污染防治区域联动机制。
4) 落实自然资源用途管制制度和建立国土空间开发保护制度
建立空间规划体系，划定生产、生活、生态空间开发管制界限，落实自然资源用途管制制度。实行最严格的源头保护制度。
要建立国土空间开发保护制度，完善最严格的耕地保护制度、水资源管理制度、环境保护制度。有序实现耕地、河湖休养生息。划定生态保护红线。坚定不移实施主体功能区制度，严格按照主体功能区定位推动发展。
5) 要建立体现生态文明要求的目标体系、考核办法、奖惩机制。把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会发展评价体系。对限制开发区域和有关生态脆弱的贫困地区取消GDP考核。探索编制自然资源资产负债表，对领导干部实行自然资源资产离任审计。建立生态环境损害责任终身追究制。
6) 要建立体现生态价值的资源有偿使用制度、生态补偿赔偿制度和生态修复制度。坚持使用资源付费、谁受益谁付费原则；坚持谁污染环境谁补偿、谁破坏生态谁赔偿的原则，对生态环境造成严重损害的责任者在赔偿的同时依法追究刑事责任。推动地区间建立横向生态补偿制度。建立生态修复制度。
7) 建立资源环境承载能力监测预警机制。对水土资源、环境容量超载区域实行限制性措施。
8) 要建立及时公布生态环境信息制度和举报制度，加强社会监督。
2.3.2. 湖泊生态文明制度建设的主要内容
从以上生态文明制度建设的主要内容，可以引伸出湖泊生态文明制度建设的主要内容：
1) 要健全湖泊自然资源资产管理体制
对湖泊自然资源资产进行统一确权登记，形成归属清晰、权责明确、监管有效的湖泊自然资源资产产权制度。
按照湖泊所有者和湖泊管理者分开和一件事由一个部门管理的原则，落实湖泊自然资源资产所有权，建立统一行使湖泊自然资源资产所有权人职责的体制。
2) 要完善湖泊自然资源监管体制
需要完善湖泊自然资源监管体制，统一行使湖泊管制职责，使湖泊自然资源资产所有权人和湖泊自然资源管理者相互独立、相互配合、相互监督。
由一个部门负责湖泊用途管制职责，对湖泊进行统一保护、统一修复是十分必要的。
3) 改革湖泊生态环境保护管理体制。建立严格监管湖泊生态环境保护的管理制度，独立进行湖泊生态环境监管和行政执法。建立水陆统筹的湖泊生态系统保护修复及区域联动机制。
4) 落实湖泊自然资源用途管制制度和建立湖泊开发保护制度
建立湖泊规划体系，划定生产、生活、生态空间开发管制界限，落实湖泊自然资源用途管制制度。实行最严格的湖泊源头保护制度。
要建立湖泊开发保护制度，完善最严格的湖泊保护制度。有序实现湖泊休养生息。划定湖泊生态保护红线。
5) 要建立体现生态文明要求的湖泊保护目标体系、考核办法、奖惩机制。把湖泊生态保护情况纳入经济社会发展评价体系。探索编制湖泊自然资源资产负债表，对领导干部实行湖泊自然资源资产离任审计。建立湖泊生态环境损害责任终身追究制。
6) 要建立体现湖泊生态价值的资源有偿使用制度、生态补偿赔偿制度和生态修复制度。坚持使用湖泊资源付费、谁受益谁付费原则；坚持谁污染湖泊谁补偿、谁破坏湖泊生态谁赔偿的原则，对湖泊生态环境造成严重损害的责任者在赔偿的同时依法追究刑事责任。推动地区间建立横向湖泊生态补偿制度。建立湖泊生态修复制度。
7) 建立湖泊生态环境承载能力监测预警机制。对湖泊生态环境容量超载区域实行限制性措施。
8) 要建立及时公布湖泊生态环境信息制度和举报制度，加强社会监督。
3. 目前我国已有的湖泊管理制度(体制机制)
湖泊管理制度的主要内容就是湖泊的管理体制机制，因此这里讲的湖泊管理制度和湖泊管理体制机制是同一个意思。
目前在国家层面还没有湖泊管理方面的专门法规，也没有统一的湖泊管理体制机制。在部分流域和省市区，为了管理本地区的湖泊，制定和颁布了专门的湖泊管理保护方面的地方法规条例，从中规定了湖泊管理的体制机制。
虽然《水法》第十二条明确规定“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制”，但湖泊不仅仅是水资源问题，还有养殖、湿地、国土资源、环保、景观等问题；另外，湖泊有大有小，并不都是流域管理与行政区域管理的问题，因此，《水法》第十二条规定的“流域管理与行政区域管理相结合的管理体制”并不适用于所有的湖泊。目前我国已有的湖泊管理体制各种各样：有流域管理与行政区域管理相结合的湖泊管理体制，例如太湖和北京市的湖泊；有政府首长负责，水行政主管部门主管，各相关湖泊保护部门各负其责的湖泊管理体制，例如湖北省的湖泊；有政府统一领导协调，各级政府和部门具体实施的湖泊管理体制机制，例如云南省滇池；有政府组织领导和协调监督、综合协调机构督促执行的管理体制，例如鄱阳湖湿地；更多的是以水行政主管部门为主管机关的湖泊管理体制，例如江苏省的湖泊、山东省的湖泊、南昌市城市湖泊等。
目前我国已有的湖泊管理的运行机制：均是有关部门按照职责分工各负其职、合作协调的运行机制。
太湖管理体制机制：《太湖流域管理条例》自2011年11月1日起施行，太湖实行的是流域管理与行政区域管理相结合的管理体制和各部门各负其职、加强合作协调的运行机制。第四条明确规定太湖流域实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。国家建立健全太湖流域管理协调机制，统筹协调太湖流域管理中的重大事项。第五条明确规定国务院水行政、环境保护等部门依照法律、行政法规规定和国务院确定的职责分工，负责太湖流域管理的有关工作。
江苏省湖泊管理体制机制：《江苏省湖泊保护条例》自2005年3月1日起施行，江苏省湖泊实行的是以水行政主管部门为主管机关的管理体制和有关部门按照职责分工进行管理的运行机制。条例第五条明确规定县级以上地方各级人民政府水行政主管部门是本行政区域内湖泊的主管机关，负责湖泊的管理和保护工作。县级以上地方各级人民政府环保、渔业、交通、建设、规划、国土资源、林业等有关部门，应当按照职责分工，做好湖泊的有关管理和保护工作。
湖北省湖泊管理体制机制：《湖北省湖泊保护条例》自2012年10月1日起施行，湖北省湖泊实行的是县级以上人民政府首长负责，水行政主管部门主管，各相关湖泊保护部门各负其责的湖泊管理体制；县级以上人民政府负责协调和联动有关部门进行管理的运行机制。条例第六条规定湖泊保护实行政府行政首长负责制。第七条规定县级以上人民政府水行政主管部门主管本行政区域内的湖泊保护工作。第八条规定县级以上人民政府发展改革、财政、建设(规划)、国土资源、公安、交通运输、旅游等其他行政主管部门按照各自职责做好湖泊保护工作。第五条规定县级以上人民政府应当加强对湖泊保护工作的领导，协调解决湖泊保护工作中的重大问题。跨行政区域的湖泊保护工作，由其共同的上一级人民政府和区域内的人民政府负责。第九条规定县级以上人民政府应当建立和完善湖泊保护的部门联动机制，实行由政府负责人召集，相关部门参加的湖泊保护联席会议制度。
云南省滇池保护管理体制机制：《云南省滇池保护条例》自2013年1月1日起施行，滇池实行的是省政府统一领导协调，各级政府和部门具体实施的湖泊管理体制机制，并要求建立目标责任、评估考核、责任追究等制度。这是集全社会力量、最强有力的湖泊管理体制机制，但耗费的财力、物力和人力也最大。条例第十条明确规定省人民政府领导滇池保护工作，负责综合协调、及时处理有关滇池保护的重大问题；应当建立滇池保护目标责任、评估考核、责任追究等制度，并加强监督检查。第十一条规定昆明市人民政府具体负责滇池保护工作；第十二条规定了有关县级人民政府的职责；第十三条规定了有关乡(镇)人民政府、街道办事处的职责；第十六条规定了各级政府所属的发展改革、财政、水利、环境保护、农业、林业、工商等有关行政主管部门的职责。
北京市湖泊管理体制机制：《北京市河湖保护管理条例》自2012年10月1日起施行，北京市湖泊实行的是流域管理和行政区域管理相结合、市水行政主管部门统一监督管理的管理体制；有关部门按照各自职责做好河湖保护相关工作的运行机制，并要求建立健全水生态保护的补偿制度、目标责任制和考核评价制度等制度。条例第七条规定本市河湖保护管理实行流域管理和行政区域管理相结合的管理体制。市水行政主管部门对全市河湖保护管理工作实施统一监督管理。第八条规定发展改革、财政、环境保护、规划、市政市容、园林绿化、农业、国土资源、工商、公安、城市管理综合执法、文物、文化、教育等有关部门按照各自职责做好河湖保护的相关工作。第四条建立健全水生态保护的补偿制度。第六条本市河湖保护管理工作实行目标责任制和考核评价制度。
山东省湖泊管理体制机制：《山东省湖泊保护条例》自2013年1月1日起施行。山东省湖泊实行的是以水行政主管部门为主管机关的湖泊管理体制和有关部门按照职责分工，做好湖泊保护的相关工作的运行机制。第六条规定县级以上人民政府水行政主管部门依法负责本行政区域内湖泊的保护和管理工作。发展改革、财政、环境保护、交通运输、住房和城乡建设、国土资源、农业、林业、渔业、旅游等有关部门，应当按照职责分工，做好湖泊保护的相关工作。
南昌市城市湖泊保护管理体制机制：《南昌市城市湖泊保护条例》自
2006 年 5 月 1 日起
施行，南昌市实行的是以水行政主管部门统一监督管理的湖泊管理体制和有关部门按照各自职责，做好湖泊保护工作的运行机制。条例第五条明确规定市水行政主管部门负责本市城市湖泊保护的统一监督管理；县(区)水行政主管部门负责所辖区内城市湖泊保护的统一监督管理。规划、国土资源、园林绿化、环境保护、市政公用、市容环境、农业等行政管理部门，应当按照各自职责，做好城市湖泊保护工作。
江西省鄱阳湖湿地保护管理体制机制：《江西省鄱阳湖湿地保护条例》自2004年3月20日起施行，鄱阳湖湿地保护实行的是省人民政府组织领导和协调监督、鄱阳湖湿地保护综合协调机构督促执行的管理体制和有关行政主管部门在各自职责范围内，共同做好鄱阳湖湿地保护工作的运行机制。条例第五条规定省人民政府应当加强鄱阳湖湿地保护工作的组织和领导。第六条规定省人民政府应当确定鄱阳湖湿地保护综合协调机构。具体组织本条例的贯彻实施，协调鄱阳湖湿地保护与合理利用工作中的重大事项，督促政府有关部门依法履行湿地保护职责。省人民政府鄱阳湖湿地保护综合协调机构由省人民政府环境保护、农业、林业、水利等有关行政主管部门组成。第八条规定环境保护、农业、渔业、林业、水利、国土资源、建设、交通、卫生、发展改革、财政、旅游、公安等有关行政主管部门应当在各自职责范围内，按照有关法律、法规的规定，共同做好鄱阳湖湿地保护工作。
4. 目前湖泊管理中存在的主要问题
4.1. 湖泊自然资源资产所有权人不到位，湖泊所有者和管理者界限不清
虽然根据《物权法》第四十五条、第四十六条以及《水法》第三条的规定，湖泊属于国家所有，即全民所有，湖泊的所有权属于国家，即属于全民，由国务院代表国家行使所有权，但所有权人不到位，没有对湖泊进行统一确权登记，归属不清晰、权责不明确。这可以从国土资源部、水利部、环境保护部、农业部渔业局、国家林业局的与湖泊有关的职能中得知。
国土资源部承担保护与合理利用土地资源、矿产资源、海洋资源等自然资源的责任。负责规范国土资源权属管理。承担全国耕地保护等责任。
水利部组织编制国家确定的重要江河湖泊的流域综合规划等重大水利规划。负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。对重要江河湖泊实施防汛抗旱调度。指导水域及其岸线的管理与保护，指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理和开发。
环境保护部统筹协调国家重点流域、区域、海域污染防治工作。指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。
农业部渔业局负责渔业资源、水生生物湿地、水生野生动植物和水产种质资源的保护；指导水生生物保护区的建设和管理。负责渔业水域生态环境保护；组织和监督重大渔业污染事故的调查处理工作；组织重要涉渔工程环境影响评价和生态补偿工作。
国家林业局组织、协调、指导和监督全国湿地保护工作。拟订湿地保护的有关国家标准和规定。依法指导森林、湿地、荒漠化和陆生野生动物类型自然保护区的建设和管理。监督检查各产业对森林、湿地、荒漠和陆生野生动植物资源的开发利用。
以上国土资源部、水利部、国家林业局、环境保护部、农业部渔业局从各部门的职能出发直接或间接涉及湖泊管理，但都没有明确代表国家对湖泊行使所有权，同时这些部门又是代表国家对湖泊进行着直接或间接的管理，似乎在行使湖泊所有者的权利，因此湖泊自然资源资产所有权人不到位，湖泊所有者和管理者界限不清。湖泊的归属不清晰、权责不明确。
4.2. 湖泊自然资源用途不明确、管理内容不统一、管理目标不一致
湖泊的供水、养殖、交通航运、纳污和净化污水等用途都是从长期的生产生活过程中形成的，即是从实际需要而不是从湖泊的综合价值、生态价值、承载能力的角度确定其用途的，因此我国湖泊自然资源用途没有科学地明确和顶层设计。
国土资源、水利、林业、环境保护、渔业等部门的管理是从湖泊某一资源的开发利用和保护的角度进行的，没有从湖泊自然资源用途、湖泊生态系统演变的特点进行，造成湖泊管理的内容不统一、湖泊管理目标的不一致。
湖泊自然资源用途不明确，是造成湖泊管理内容不统一、湖泊管理目标不一致的重要原因之一。
因此，需要从湖泊生态文明建设的高度，按照生态学原理，对湖泊进行顶层设计，明确湖泊自然资源用途，统一湖泊管理内容和管理目标，使湖泊自然资源用途、管理内容和管理目标相一致。
4.3. 多头管理，管理主体不明、管理体制不顺
湖泊管理涉及水利、渔业、林业、环保等多个政府部门。水利部门主要负责湖泊水量调蓄、湖泊工程和湖区周围涵闸泵站管理；渔业部门主要负责渔业资源管理和渔业行政执法；林业部门负责湿地保护；环保部门主要负责湖区环境监测等。现行湖泊管理由于管理主体不明，行政职能定位不清，看似分工明确，实质多头管理，各自为政。一些部门重开发轻保护、重短期利益轻长远利益，在开发管理上执法不严、管理不力，客观上纵容了非法开发。对于跨界湖泊，受经济利益驱动，地区之间在湖泊勘界、资源开发上更是矛盾重重，加剧了湖泊管理的乱象。
如前文所述，目前存在各种各样的湖泊管理体制，有的是“流域管理与行政区域管理相结合”的管理体制；有些是“以水利部门为主管部门，其他部门协调配合”的管理体制；大部分是“没有明确主管部门，各自为政”的多头管理。因此总体而言，我国的湖泊管理主体不明、体制不顺，急需创新调整。
4.4. 运行机制不完备、缺乏完整的制度体系
运行机制不完备，缺乏系统完整的湖泊生态文明制度体系。没有建立体现湖泊生态文明制度建设要求的目标体系、监督监控体系、考核办法、有偿使用和补偿赔偿修复机制等。
没有建立体现湖泊生态文明要求的目标体系。没有把湖泊生态保护纳入经济社会发展评价体系。没有建立如湖泊数量、湖泊面积、湿地面积、水量、水质、生物种类数量等具体的湖泊生态考核指标和考核办法。
没有建立湖泊监督监控体系，难以开展定量客观的有效监督和评价。
没有建立体现湖泊生态价值的资源有偿使用制度、生态补偿赔偿制度和生态修复等制度。缺乏损害赔偿修复机制。
缺乏湖泊管理的社会监督和公众参与机制等。
5. 创新湖泊管理体制机制，加快推进湖泊生态文明制度建设
按照十八大和十八届三中全会对于生态文明制度建设的有关要求，结合目前我国已有的湖泊管理的体制机制和存在的问题，可以看出，湖泊管理体制机制急需创新和健全，总的思路是① 湖泊的所有权要确立，湖泊所有者要到位；② 湖泊的用途要明确；③ 湖泊所有者和湖泊管理者要分开，要相互监督；④ 湖泊的管理主体要唯一、权责要一致。分级、分部门管理时，管理的内容要统一、目标要一致；⑤ 运行机制要完备。
为此，建议成立国家湖泊自然资源资产监督管理委员会(简称“湖资委”)，代表国家作为湖泊所有者行使所有人权力。
有了“湖资委”，新的湖泊管理体制可以设计为：“‘湖资委’确权确用途；政府负责，明确管理主体；分级、分部门管理”的新型湖泊管理体制。
湖泊管理的运行机制可以设计为：“政府负责；管理主体主管；各分级、分部门按照职责分工和管理目标各负其职，权责一致；‘湖资委’和政府相互监督”的运行机制。
5.1. 设立国家湖泊自然资源资产监督管理委员会，落实湖泊资源资产所有权
设立国家湖泊自然资源资产监督管理委员会，落实湖泊资源资产所有权，代表国家统一行使全民所有湖泊自然资源资产所有者职责，对湖泊进行统一确权登记，落实用途管制，划定生产、生活、生态空间开发管制界限。行使湖泊所有权人意义上监管的权利。所有权人意义上的监管权，应该是指最终的决定权。
“湖资委”的主要任务应该是① 对湖泊进行确权；② 对湖泊自然资源资产的用途进行顶层设计，确保湖泊自然资源资产保值增值；③ 确定并统一湖泊的管理内容和管理目标；④ 对湖泊的管理进行监督。
5.2. 政府负责(代表湖泊管理者)
按照湖泊所有者和湖泊管理者分开的原则，应该有一个独立于“湖资委”的湖泊管理者，由于我国湖泊属于国家所有即全民所有，因此，只有政府才能代表湖泊管理者，其他行业如水利、农业、林业、渔业等只能代表本行业，不能代表全民。
政府负责的含义主要有① 代表湖泊管理者，行使湖泊管理者意义上的权利；② 可以设立并授权像湖泊管理局这样的机构对湖泊进行统一管理；③ 明确管理主体；④ 监督、协调并解决湖泊管理中出现的各种各样的问题。⑤ 与“湖资委”相互配合、相互监督。
5.3. 明确管理主体
针对我国湖泊管理中存在的“多头管理”、管理主体不明，造成“都管又都不管”、“都有责任又都不负责”的尴尬局面，需要明确管理主体。
管理主体由代表湖泊管理者的政府或者由代表湖泊所有者的“湖资委”确定，管理主体可以由政府本身担任，也可以由授权的像湖泊管理局这样的机构担任，或者由授权的像水利、环保、林业等部门担任。
明确管理主体的目的就是为了避免“多头管理”，强化湖泊的统一管理，实现责任主体的唯一性。
5.4. 分级、分部门管理
分级、分部门管理是指在“‘湖资委’明确了湖泊所有权，确定了湖泊用途；政府负责，明确了管理主体，实行统一管理下的”分级、分部门管理。
在目前我国的行政体制下，政府负责(或分级负责)，协调水利、水产、林业、环保、国土、交通运输、旅游等相关部门，对湖泊进行管理，应该是可行和有效的湖泊管理办法。
统一管理需要集权，但在湖泊管理中又必须考虑分权。假如某个湖泊统一管理的主管部门是水利部门，在遇到养殖水产问题时不分权，不让渔业部门处理，而由水利部门处理，其结果肯定是不专业，往往会出问题，另外处理养殖水产问题是渔业部门的职责，从这个角度讲，养殖水产问题必须由渔业部门处理。因此在湖泊管理中集权时又必须考虑分权。
在集权分权中，既要注意有利于湖泊的保护问题，同时又要注意权责平衡和避免保护任务过于琐碎繁杂的问题。
在集中权力、统一管理的同时，还要做到相关部门按照各自职能分别实施管理，权责对等。
5.5. 权责一致
要真正实现湖泊保护的统一监管，仅有责任主体的唯一性还不够，还需要实现责任与权力的一致性，赋予责任主体与监管责任相一致的权力，才能真正实现对于湖泊的保护和管理。
权责一致的重要性可以从我国环保部门治理污染的效果中看出：环保部门是治理污染的唯一责任主体，不仅如此，而且制定了许多环保方面的法规，从1979年至今，我国制定了与环境保护相关的法律30多部、行政法规60多部、部门规章600多部、环境标准1000多部。与西方发达国家相比，我国的环保法律和标准不可谓不多，看上去很完善，只要依法治污就行了。但真正面对具体问题时，又解决不了，这是为什么？有学者专门分析了这个问题，认为除了环保法律规章本身的问题和我国的司法因素外，就是相互制约的行政因素(行政权力)，环保部门没有与责任相一致的权力，难以承受统一监管的责任。
5.6. 完备机制和制度
完备机制和制度，建立体现湖泊生态文明制度建设要求的目标体系、监督监控体系、考核办法、有偿使用和损害赔偿修复机制等。
5.6.1. 建立体现湖泊生态文明制度建设要求的目标体系
建立体现湖泊生态文明制度建设要求的目标体系，目标体系要按照尊重湖泊、顺应湖泊、保护湖泊的理念进行确定。目标体系既是保护湖泊的要求，亦为责任主体考核提供标准。
目标体系包括湖泊保护的范围；最严格的源头保护措施；湖泊水功能区的划分以及水质保护的目标；湖泊生态保护红线的确定；防洪除涝和水土流失防治的目标；水域纳污能力和限制排污总量意见；种植、养殖面积控制目标；退田(池、圩、渔)还湖、拆除湖边违章建筑物；生态修复、清淤措施、河湖连通、有序实现湖泊休养生息等内容。
湖泊生态保护的目标体系应纳入经济社会发展评价体系。
5.6.2. 制订湖泊保护名录
制订湖泊保护名录是保护湖泊的前提和基本要求，如果连本地区内需要保护的湖泊数量、位置、面积、水质等基本情况都不清楚，湖泊保护就无从谈起，因此保护湖泊首先要制订湖泊保护名录。
湖泊保护名录应包括湖泊名称、位置、面(容)积、调蓄能力、水质情况、动植物资源情况、主要功能、涉及流域(区域)范围等内容。
把湖泊的水面面积以及一些特殊功能等，作为分级制定湖泊保护名录的原则。例如江苏省将面积在0.5平方公里以上的湖泊、城市市区内的湖泊、作为城市饮用水水源的湖泊列入湖泊保护名录；山东省把常年水面面积在0.5平方公里以上的湖泊以及具有特殊功能的湖泊，纳入湖泊保护名录。湖北省湖泊保护名录没有分级，也没有具体的标准，纳入原则是经省人民政府水行政主管部门会同发展改革、环境保护、国土资源、农(渔)业、林业、建设(规划)、交通运输、旅游等有关行政主管部门根据湖泊的功能、面积，以及应保必保原则确定。
当然，也应当根据实际情况，对湖泊保护名录作出调整。
5.6.3. 建立监督监控体系
建立湖泊监督监控体系是湖泊管理的前提，没有监督监控体系就难以开展定量客观的有效监督和评价。据第一次全国水利普查数据，我国常年水面面积100 km2及以上的湖泊中设有水位站的湖泊数为30个，约占总湖泊数(129个)的23%；另据湖泊旅游休闲网统计，美国湖泊面积100 km2及以上的湖泊130个，其中101个有湖泊容积、109个有最大水深，占该标准及以上湖泊总数的77.7%和83.8%。目前大部分湖泊的基本情况不清，没有界定保护范围，没有监测湖泊水域变化、水质变化、水量变化的手段和制度，很难开展定量客观的有效监督和评价。因此，为了保护湖泊，需要建立湖泊监督监控体系。
5.6.4. 建立考核办法，编制湖泊自然资源资产负债表
建立湖泊保护考核办法，对限制开发区域和生态脆弱区域取消地区生产总值考核。要克服目前领导干部考评制度下的政绩追求，克服财政“分灶吃饭”给领导干部带来湖泊保护与开发利用的两难选择，建立科学的湖泊保护考核办法和考核评价机制。
探索编制湖泊自然资源资产负债表，对领导干部实行自然资源资产离任审计。建立湖泊生态环境损害责任终身追究制。
5.6.5. 建立湖泊有偿使用、生态补偿和损害赔偿修复机制
建立体现湖泊生态价值的资源有偿使用、生态补偿和损害赔偿修复机制。加快湖泊自然资源及其产品价格改革，全面反映市场供求、资源稀缺程度、湖泊生态环境损害成本和修复效益。坚持使用湖泊资源付费原则。健全湖泊生态环境损害赔偿修复制度，坚持谁污染湖泊谁治理、谁破坏湖泊生态谁赔偿恢复原则。完善湖泊生态补偿机制，坚持谁受益、谁补偿原则。推动地区间建立横向湖泊生态补偿机制。
5.6.6. 建立湖泊生态环境承载能力监测预警机制
按照生态学原理对湖泊的生态环境承载能力进行研究，估算湖泊生态环境承载能力，为了确保湖泊的生态环境不受破坏，承载能力应该保守一些。在此基础上建立湖泊生态环境承载能力监测预警机制，对湖泊的水位、水质、生物、湿地等指标进行定时监测，发现有指标超过承载能力时，应该及时报告有关管理部门，并且采取应对措施。对湖泊生态环境容量超载区域实行限制性措施。
5.6.7. 建立湖泊生态环境信息公示制度和举报制度，健全湖泊保护管理的社会监督和公众参与机制
建立湖泊生态环境信息公示制度和举报制度，通过广播、电视、报刊、网络等媒体向社会及时公布湖泊生态环境信息；公布投诉举报方式，完善湖泊保护的举报和奖励机制；健全湖泊保护、管理的社会监督机制。大力推进湖泊保护管理的科学决策和民主决策，采取多种方式听取各方意见，进一步提高决策透明度，鼓励社会各界、非政府组织、湖泊保护志愿者参与湖泊保护、管理和监督工作，完善湖泊保护公众参与机制。