1. 引言
合伙企业作为“先分后税”的纳税主体，灵活性较高，在股权架构设计、员工持股平台搭建等领域被广泛应用。然而，由于合伙企业不具有法人资格，税负也具有穿透性，其税务处理规则长期存在争议[1] [2]。其中，自然人合伙人转让财产份额与经营所得的重复征税问题，成为实务中的痛点。合伙企业自身不纳税，其自然人合伙人需就经营所得缴纳个人所得税。但当合伙企业涉及股权转让、利润分配时，因政策执行口径差异，可能引发同一利润的多次征税。无论从企业角度还是从税务管理角度，这个问题都值得关注。从企业角度探讨争议根源，并提出优化建议，意义尤其重要。
2. 典型场景及涉税分析
2.1. 案例背景
合伙企业A，注册资金100万元，已实缴。
2023年，该合伙企业盈利200万元，但未分配，期末所有者权益为300万元。
2024年，合伙企业A的自然人LP甲持股20%，甲将持有的合伙企业份额按300万元估值 × 份额占比20% = 60万元转让给自然人乙。
2025年，该合伙企业分配200万元利润，返还100万元本金后解散。
2.2. 甲(转让方)的涉税事项
经营所得个税：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，合伙企业生产经营所得和其他所得，采取“先分后税”的原则。即无论合伙企业当年是否做出利润分配决议，各合伙人都应当以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照应分配比例确定应纳税所得额，对于合伙企业的合伙人，无论是自然人还是法人和其他组织，都遵循“先分后税”原则计算缴纳所得税，再根据合伙人身份，分别缴纳个人所得税或企业所得税[3]。
2023年合伙企业盈利200万元，未分配，但根据“先分后税”原则，无论是否分配，甲需按20%份额计算出40万元并入其2023年经营所得，适用5%~35%税率申报个人所得税(暂不考虑按单一投资基金核算的创投企业)。
财产转让所得个税：财产转让过程中，转让方因资产增值获得了经济利益，根据量能课税理念，只要增加了纳税人的支付能力，就应纳入税基，确保个人所得税全面覆盖各单位收入来源，体现了税收的公平性，起到了调节社会收入分配的功能。财产转让所得的计税基础是纳税人实现的真实的经济收益，即对净收益征税，允许扣除财产购置的成本，仅对增值部分征税。
甲在2024年将20%的合伙企业份额以60万元转让给乙，需按“财产转让所得”缴纳个人所得税。甲实缴出资额为20万元(100万 × 20%)，转让收入60万元，应纳税所得额 = 60万 − 20万 = 40万元。根据《个人所得税法实施条例》，合伙企业财产份额转让属于“财产转让所得”，适用20%税率。应纳税额为40万 × 20% = 8万元。
需要注意的是，若甲在2023年已就未分配利润缴税，则转让份额时无需重复计税；若未缴税，需补缴经营所得个税。
2.3. 乙(受让方)的涉税事项
合伙企业2025年分配200万利润，乙作为新合伙人(持有20%份额)分得40万元(200万 × 20%)。但由于该利润属于合伙企业2023年已完税的经营所得，根据《财税[2008] 159号》文件的规定，合伙企业利润仅在实现年度征税，在分配环节不再重复征税。
合伙企业解散，返还乙100万本金(对应实缴出资)，属于资本回收，不涉及所得税缴纳问题。
2.4. 是否涉及双重征税的探讨
根据“先分后税”原则，2023年，合伙企业当年实现的利润已通过经营所得申报缴税，但该利润导致合伙企业净资产增加(所有者权益从100万元增至300万元)，间接抬升了份额的公允价值(转让估值300万元)。
甲在2023年已就利润缴税，但在2024年转让份额时，转让合伙企业份额的计税基础仅包括实际出资额(20万元)，不包含合伙企业留存收益(200万元利润)对应的份额增值部分(40万元)，这部分已税利润无法调整股权转让的计税基础，不能作为股权转让收入可以抵减的成本项，导致同一利润被两次征税：
第一次：2023年经营所得(40万元，按5%~35%税率)；
第二次：2024年财产转让所得(40万元，按20%税率)。
从形式上来看，两次纳税虽然属于同一主体，但归属于不同期间，且分别归属于个人所得税中的不同税目，经营所得“先分后税”是按应纳税所得额来分配计税，而财产转让所得是按转让财产的收入扣除财产原值和合理费用后的余额计税，不形成双重征税。但从实质上看，两次个税的计税基础均为2023年合伙企业实现的利润，由于现行税法未允许将已税未分配利润调整份额转让的计税基础，在合伙企业财产份额转让中，若按财产转让所得计税，可能因对财产原值和合理费用的认定问题，与“先分后税”下的计税依据产生差异。合伙企业的留存收益即使未实际分配给合伙人，也已完税。当合伙人转让其财产份额时，这部分已完税的留存收益可能会被再次计入转让所得，导致重复征税。因此，本案例中，同一笔利润通过不同的形式被两次征税，存在经济性双重征税，但在现行税收政策下，甲仍需就两个事项分别纳税。
将上述案例稍作调整，探讨可能出现的另一种情形。
合伙企业在2024年才实现200万元利润，甲在2024年份额转让时已按100万元本金 + 200万元收益调整了估值，份额退出前未申报经营所得个税，乙在2024年承接份额成为新合伙人后，申报了当年经营所得个税。
在此情形下，甲乙双方涉税事项稍有变化：
首先，甲未承担2024年的合伙企业经营所得个税，财产转让所得个税8万元不发生变化，仍需要承担。
其次，乙在2024年已就40万元利润按“经营所得”缴税，2025年实际分配属于已税利润的划转，无需重复缴税。
最后，讨论下双重征税问题分析：
对甲而言，甲转让份额的公允价值(60万元)中包含了合伙企业2024年200万元利润对应的权益增值(40万元)。但该200万元利润在2024年已由乙(而非甲)申报缴纳经营所得个税，甲并未直接承担该税负。甲不涉及双重征税问题。
对乙而言，2024年的转让对价中，已经包含了合伙企业已实现利润，合伙企业分配这部分利润，对乙的经济实质是收回其投资成本，而非分配收益。乙并非这部分利润的实现方，却需对合伙企业利润全额缴税，即使该利润已被甲通过转让溢价间接“变现”。
综合而言，尽管税法未将甲乙的税负视为重复征税，但从经济效果看，依然是同一笔利润(2024年合伙企业实现的收益200万元)通过两种方式被征税：一次通过甲转让份额的“财产转让所得”征收；另一次通过乙申报的“经营所得”征收。这种双重征税的根源在于，在溢价转让合伙企业份额的过程中，合伙企业利润既导致权益增值，又作为经营所得。现行税法未允许就已税的未分配利润调整股权转让所得的计税基础，导致这笔利润以两种不同形式被征税，既在股权转让所得中被计税，又在经营所得中被计税。
3. 企业税收筹划及实操建议
面对自然人溢价转让合伙企业份额时可能出现的经济性双重征税问题，以及“财产转让所得”与“经营所得”税目在合伙企业实操中带来的税务处理复杂性，合理的税收筹划成为降低税负、规避风险的关键。通过科学设计交易架构与税务安排，既能确保纳税人依法履行纳税义务，又能实现税收成本的有效控制。以下从实操角度出发，提出具有针对性的税收筹划策略及实施要点。
3.1. 利润分配前置
利润分配前置策略的核心逻辑在于利用合伙企业“先分后税”的税收特性，通过提前分配未分配的利润，降低合伙人转让份额时的溢价空间，从而减少财产转让所得环节的个人所得税税负，避免同一利润的经济性双重征税。如在上述案例中，甲计划于2024年转让其持有的20%份额，可以在合伙企业份额转让前提议合伙企业分配利润，甲需要按照经营所得缴纳个税。
完成利润分配后，合伙企业的所有者权益将从300万元降至100万元，直接导致份额转让时的估值基础降低。此时，甲转让份额的计税基础将基于100万元的净资产进行计算，相较于未分配利润时的300万元估值，转让溢价显著减少，从而有效降低了财产转让所得环节的应纳税额。
3.2. 设立公司承接合伙企业份额
基于合伙企业税制特性与企业所得税政策的协同应用，设立公司承接合伙企业份额可有效化解自然人溢价转让中的双重征税问题。该筹划方案的核心在于利用法人合伙人的税收属性，通过投资收益确认与股权投资损失税前扣除的机制，实现税负平衡。在上述案例中，2024年合伙企业实现经营所得200万元，如甲在2024年转让前未申报缴纳经营所得个税，乙通过其控股的有限责任公司丙受让甲转让的合伙企业份额，承接对价仍为60万元。2024年，合伙企业实现的经营所得200万元按“先分后税”原则分配至各合伙人，丙作为法人合伙人确认40万元投资收益，该投资收益应计入当期应纳税所得额。若丙公司无税收优惠政策适用，需按25%税率缴纳企业所得税10万元(40万元 × 25%)；若丙公司存在以前年度可弥补亏损，则可先进行亏损弥补，再计算应纳税额。2025年合伙企业解散，丙公司取得的投资收益40万元已经在2024年缴税，无须重复申报，退出成本20万元和股权投资成本60万元的差额形成投资损失，该损失不同于法人合伙人分得的合伙企业经营亏损，可在所得税税前扣除或形成未来期间可弥补亏损。
对于公司丙来说，2024年和2025年累计实现应纳税所得额 = 经营所得投资收益40万元 − 股权投资损失40万元 = 0元。在由公司丙受让份额的方式下，由于股权投资损失可税前扣除，抵消了合伙企业利润在股权溢价和经营所得中被双重征税的纳税影响。
3.3. 股权代持
股权代持作为特殊的交易架构设计，在合伙企业份额转让筹划中具有一定的应用价值，但其法律效力与税务处理存在高度复杂性。股权代持协议的合法有效性需同时满足行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律与行政法规的强制性规定及公序良俗三个要件。在实践中，若代持目的是规避法律强制性规定(如规避公务员禁止经商规定、外资准入限制等)，该协议可能被司法机关认定为无效，进而导致筹划目的落空。在本案例中，甲和乙可通过签订股权代持协议方式，约定由甲为乙代持合伙企业份额。在代持有效的前提下，甲将税后股息红利转付乙时，乙无需缴纳个人所得税。但代持行为涉税与法律风险并存，代持协议效力认定可能有争议，显名股东违约风险高，各地方税务局对代持行为认定也不同，可能存在依据实质课税原则，直接认定乙为纳税人并追征税款等相关风险。
鉴于合伙企业份额转让涉及经营所得与财产转让所得双重课税、税收政策执行口径地域差异等复杂性，在实际操作过程中，建议份额转让双方在转让方案确定前做好税收筹划，同时，积极与属地税务部门开展纳税政策预沟通[4]。在交易合同管理层面，建议在转让协议中明确合伙企业未分配利润的归属时点及计税方式，避免后续争议。在税务凭证管理方面，需确保合伙企业和合伙人留存完税凭证，证明未分配利润已完税，避免因凭证缺失导致的重复征税风险。
4. 法规完善建议
从政府角度看，推动财税主管部门完善财税法规，提升法制质量，减少与企业之间的税务征缴纠纷，也是一项必要、紧迫的工作。
4.1. 明确计税基础调整规则
当前合伙企业份额转让计税基础规则的模糊性，是导致案例中出现经济性双重征税的核心症结。根据《个人所得税法实施条例》对“财产转让所得”的界定，其计税依据为转让收入减除财产原值及合理费用后的余额，但现行法规未明确合伙企业已税未分配利润能否计入财产原值。建议财政部、国家税务总局等管理部门出台相关政策，明确允许合伙企业份额转让方在计算财产转让所得时，将合伙企业已税未分配利润中归属于自身份额的部分，从转让收入中扣除。例如，若合伙企业某年度经营所得已按“先分后税”原则完成纳税，后续份额转让时，转让方计税基础应对其已纳税的利润份额做调整，从而避免该部分利润在财产转让环节被再次计税。
明确合伙企业份额转让计税基础调整规则，具有多维度的积极意义：不仅能从根源上化解经济性双重征税矛盾，显著降低合伙人交易成本；还能优化税收生态，激发资本活力，推动市场资源高效配置；更重要的是填补了税收政策空白，完善了合伙企业税制体系，增强了税收制度的规范性与合理性。
然而，政策落地过程中也面临诸多挑战。一方面，税收征管复杂度大幅提升，税务机关需强化对合伙企业财务核算、利润分配全流程的监管，精准核查已税未分配利润数据，这对征管能力专业化及信息化建设提出更高标准；另一方面，存在一定的政策套利风险，部分纳税人可能通过虚构利润、虚假申报等手段实施不合理避税，需要构建严密的风险防控机制。
4.2. 统一政策执行口径
本文案例中的“财产转让所得”与“经营所得”税目适用的争议，根源在于国内现行税收政策缺乏统一的判定标准，导致各地税务机关执法口径不一。部分地区将合伙企业份额转让全额认定为“财产转让所得”，适用20%比例税率；而另一些地区则将其拆分为经营所得与财产增值所得，分别适用5%~35%的超额累进税率与20%的税率，这种差异严重影响了税收公平与市场秩序。针对“财产转让所得”与“经营所得”的适用争议，建议财政部或国家税务总局出台全国性解释文件，终结地方税务局的执行差异。例如，明确以合伙企业份额转让的经济实质作为判定税目的核心依据，明确界定不同情形下税目的适用标准，规范纳税人的申报和操作流程，明确税务机关的审核要点，加强税收政策的宣传与培训，建立争议处理机制并动态完善后续管理等[5]。
4.3. 试点利润分配与转让联动机制
为破解合伙企业利润分配与份额转让的税负失衡问题，建议借鉴企业所得税亏损结转政策，在部分地区开展利润分配与转让联动机制试点。具体而言，若合伙人存在份额转让计划，允许合伙企业在进行利润分配时，将已分配利润与转让环节的税负进行联动计算。例如，对在转让份额前完成利润分配并缴纳经营所得个税的合伙人，其转让所得计税基础可相应调增；反之，若在转让后分配利润，则需对转让所得进行追溯调整，确保同一笔利润仅在一个环节承担税负。通过试点总结经验，逐步形成可复制、可推广的政策模式，为全国范围内优化合伙企业税制提供实践依据。此外，试点模式也为政策的过渡衔接争取了时间：一方面，允许税务机关在有限范围内对新政策进行压力测试，针对计税基础核算、申报流程衔接等复杂环节，通过试点运行及时发现征管漏洞，完善管理机制；另一方面，给予市场主体适应政策调整的缓冲期，企业可结合试点地区的实践案例，提前调整财务核算与税务筹划策略，降低因政策突变带来的合规成本。
合伙企业税制争议本质上反映了穿透式纳税主体与现行税法体系的制度性矛盾。解决这一问题需坚持税收法定、公平与效率相统一的原则，通过完善顶层设计消除重复征税，同时加强税收监管与服务，引导企业合理利用政策空间开展合规筹划。随着中国资本市场的深入发展与税收法治建设的推进，构建科学、统一、透明的合伙企业税制体系，将是优化营商环境、实现税收治理现代化的必然要求。