2-巯基吡啶配合物的合成及量子化学计算
The Synthesis and Quantum Chemistry Calculation Based on 2-Thiol Pyridine Ligand
DOI: 10.12677/JOCR.2017.52013, PDF, HTML, XML,    国家自然科学基金支持
作者: 张连生, 万 玮, 王萃娟, 熊霄阳, 李泽贤, 陈志斌:西南交通大学生命科学与工程学院,四川 成都;赵 鑫:西南交通大学机械工程学院,四川 成都
关键词: 22’-二硫二吡啶配位化合物密度泛函理论B3LYPNBO计算Dpds Coordination Compounds Functional Theory B3LYP NBO Calculations
摘要: 基于配体2,2’-二硫二吡啶(简称Dpds),采用分层扩散法,合成出六核簇状配位化合物Cu6(C5H4NS)6。采用密度泛函理论(DFT)下的B3LYP计算方法、NBO计算方法对该配合物进行量子化学计算,同时进行了前线轨道的研究。结果表明:每个配合物含六个铜离子、六个2-巯基吡啶阴离子,优化后的理论值与实验值比较吻合,误差在允许的范围内,理论计算的完成证明了实验数据的可靠性。
Abstract: A six-core cluster compound Cu6(C5H4NS)6, was prepared by layered a N, N-Dimethylformamide solution of Cu(CH3COO)2•H2O on a dichloromethane solution of Dpds. The quantum chemistry cal-culation of the complex was carried out by using the B3LYP calculation method of density functional theory (DFT) and the NBO calculation method; at the same time, the research of frontier orbital is carried out. The results showed that the six-core copper (II) cluster complex contains six crystallographically unique Cu (II) ions and six 2-mercapto pyridine anions. It is found that the theoretical values are in agreement with the experimental ones, and the error is within the al-lowable range. And the completion of theoretical calculations proved the reliability of the experi-mental data.
文章引用:张连生, 万玮, 王萃娟, 熊霄阳, 赵鑫, 李泽贤, 陈志斌. 2-巯基吡啶配合物的合成及量子化学计算[J]. 有机化学研究, 2017, 5(2): 100-103. https://doi.org/10.12677/JOCR.2017.52013

1. 引言

金属有机骨架化合物是一种非常重要的晶态材料,人们通过分子设计合成出大量结构新颖的金属有机框架化合物,研究了它们的拓扑结构,并对其在磁性、气体吸附与分离、选择性催化、非线性光学等领域内潜在的应用价值进行了探索 [1] [2] [3] 。其中含氮配体配合物是金属有机骨架化合物中非常重要的一类。因为含氮配体中的氮原子数目较多、氮原子与金属离子配位的能力强,所以配位反应比较容易发生,能够用于合成结构新颖的配位化合物。随着化学理论的发展及计算机性能的提高,集化学和计算于一体的计算化学,正在逐渐走向成熟。计算化学建立在理论的演绎上,通过求解一系列的方程,来解决化学上的问题。将计算化学的理论和方法应用到配合物的研究上,能够促进配位化学的发展。

本文采用2,2’-二硫二吡啶(简称Dpds)作为配体,它理论上能够与金属离子发生配位反应。但是从另一方面来说,二硫键容易断裂,含有二硫键的化合物很不稳定 [4] [5] 。实验中我们并没有合成出以二硫二吡啶为配体的配合物,而是得到了以巯基吡啶(二硫二吡啶的分解产物)为配体的六核铜簇合物。这种六核铜簇合物的合成已经有文献报导 [6] [7] ,但是本文中的合成方法与之前文献报导方法有很大的区别。文献 [6] 和 [7] 中使用的都是水热法,文献 [6] 中使用[Cu(PPh3)2(MeCN)2]ClO4和2-巯基-N-氧化吡啶,文献 [7] 中使用[Cu(MeCN)2]BF6和2-巯基吡啶。本文使用的是二硫二吡啶和乙酸铜,并且是在反应条件温和的试管中进行反应的。然后通过XRD单晶衍射 [8] [9] 对配合物进行结构测定。另外将对配合物进行量子化学计算和研究。

2. 实验部分

配合物Cu6(C5H4NS)6的合成

配合物的合成方法是:分层扩散法。称取0.05 mmol (11.0 mg) Dpds,溶于5 mL体积比为1:1的DMF-二氯甲烷混合溶剂,搅拌半小时,完全溶解后倒入试管。将5 mL体积比为2:1的DMF-二氯甲烷混合溶剂缓慢加入上述试管。称取0.05 mmol (10.0 mg)乙酸铜,溶于5 mL DMF,完全溶解后缓慢加入上述试管。试管中的三种溶液出现分层,将试管密封,室温静置。随着时间的推移,三种溶剂渐渐互溶,三周后得到黄色透明、呈长方体状的该配合物的晶体。以二硫二吡啶为标准,计算产率为31.2%。配合物Cu6(C5H4NS)6的元素分析测试值(%)为:C 34.39,H 2.24,N 18.13;计算值(%)为:C 34.48,H 2.30,N 18.05。

3. 结果与讨论

3.1. 基于配体Dpds的配位化合物的结构表征

3.1.1. 配合物Cu6(C5H4NS)6的晶体结构测定

配合物的晶体结构测定方法为:选取形状规则并且大小适合的单晶样品,常温下放在Bruker Smart-APEXII CCD衍射仪上,用经过石墨单色器单色化的Mo-Kα射线(λ = 0.071073 nm),以ω-f 方式扫描收集配合物的衍射数据。全部衍射强度数据通过Lp校正和吸收校正 [10] 。通过SHELXTL [11] 程序完成结构解析,然后用直接法将晶体结构解出。全部氢原子及非氢原子的坐标、及各向异性相关参数都由全矩阵最小二乘法F2精修,其中全部氢原子坐标由差值电子密度函数并结合几何分析方法获得;全部非氢原子则经Fourier合成及差值电子密度函数修正得到。所有相关计算均使用SHELXL-97程序包完成 [10] [11] 。配合物的晶体学数据已列于表1

3.1.2. 配合物Cu6(C5H4NS)6的晶体结构描述

配合物的X-射线单晶衍射测试结果显示:配合物属于单斜晶系,P2(1)/n空间群。配合物每个分子含有六个铜离子、六个2-巯基吡啶阴离子。如图1所示,整个分子为1个分立的六核簇合物,六个2-巯基吡啶通过Cu-N、Cu-S配位键与Cu6核心结合。配合物的结构具有很高的对称性,每个S原子和两个相邻的铜原子配位,Cu-S键的键长在2.223~2.259 Å范围内。每个N原子和一个铜原子配位,Cu-N键的键长在2.031~2.037 Å范围内。

3.2. 配合物的量子化学计算

配合物和配体2-巯基吡啶离子的量子化学计算

配合物的结构为零维,不对称单元间没有配位键这种强相互作用力。我们运用Gaussian 03 [12] 程序,采用密度泛函理论下的B3LYP计算方法 [13] [14] ,对配合物以及配体2-巯基吡啶去质子状态下的2-巯基吡啶离子进行量子化学计算。对2-巯基吡啶离子的计算,我们使用6-31G(d)基组。对配合物的计算,我们使用混合基组,对C、H、S、N使用6-31G(d)基组,对Cu使用LANL2DZ赝势基组 [15] 。计算的内容包括:几何优化及在其基础上的频率计算,并分析了电荷布局和前线轨道。配合物键长、键角的计算值和理论值列于表2。比较结果发现,优化后的理论值与实验值比较吻合,误差在允许的范围内。键长的理论值比实验值偏长,其中Cu1-Cu3键的理论值比实验值大0.183 Å,这可以解释为在B3LYP方法优化下,键长普遍偏长。配合物和配体2-巯基吡啶离子的Mulliken [16] [17] 电荷列于表3。由表中数据可知,配合物中铜原子的电荷由1 (在配合物中铜离子的价态是+1)降到了0.725,这说明铜原子和配体发生了配位作用 [18] [19] 。与自由配体2-巯基吡啶离子相比,配合物中N1、S1的电荷增加,这些结果也向我们展示了铜原子和配体之间的配位作用。

通过NBO计算,我们得到了配合物和配体2-巯基吡啶离子的中各原子的电荷布局和自然电荷的信息,部分原子的信息列于表4。由表中数据可知,与配体2-巯基吡啶离子相比,在配合物中,硫原子的电荷升高。这是因为2-巯基吡啶阴离子的硫原子上积聚着负电荷,与带正电荷的铜原子配位后,电子流向铜原子,从而硫原子自身的电荷升高。在配合物中,氮原子外层轨道中的电子数量增加,氮原子的自然电荷略微降低。这可以解释为:配位键作用增加了氮原子周围的电子云密度 [18] [19] 。因为铜离子是吸电子基团,在这种吸引力作用下,Dpds配体中更多的电子集中在参与配位的氮原子的附近。

图2展示了配体2-巯基吡啶离子的前线轨道。在配体的HOMO(最高占据轨道)轨道中,硫原子和氮原子占到了很大的比例。在我们的实验中,配体中的硫原子、氮原子发生配位作用,这也验证了计算结果。图3展示了配合物的HOMO轨道的三维结构,正如我们预料的那样,配体2-巯基吡啶离子和铜原子的电子云发生了重叠,证明了配位键的存在。

Table 1. Crystallographic Data

表1. 晶体学数据

Figure 1. The coordination environment of Cu6(C5H4NS)6

图1. Cu6(C5H4NS)6的配位环境示意图

Table 2. Complex bond lengths (Å) and angles (˚) the theoretical and experimental values

表2. 配合物键长(Å)和键角(˚)的理论值与实验值

Table 3. The Mulliken charge of Dpds ion and complex

表3. 配合物和配体2-巯基吡啶离子的Mulliken电荷(e)

Table 4. The charge distribution and natural charge for complex and Dpds

表4. 配合物和配体Dpds的电荷布局(e)和自然电荷(e)

Figure 2. The 3D representation of HOMO and LUMO frontal orbitals of free (Dpds)-ligand

图2. 配体2-巯基吡啶离子前线轨道HOMO和LUMO的三维结构图

Figure 3. HOMO orbitals of complex

图3. 配合物前线轨道HOMO三维结构图

4. 结论

本文选用2,2’-二硫二吡啶(简称Dpds)这样一种含氮杂环化合物作为配体,以分层扩散法合成出六核铜簇合物。然后通过XRD单晶衍射对配合物进行结构测定。另外对配合物进行了量子化学计算和研究。本文的具体研究成果有:以Dpds为配体,采用分层扩散法,与铜离子反应,得到簇合物Cu6(C5H4NS)6。配合物属于单斜晶系,P2(1)/n空间群,每个分子含六个铜离子、六个2-巯基吡啶阴离子。配合物整个分子为1个分立的六核簇合物,六个2-巯基吡啶通过Cu-N、Cu-S配位键与Cu6核心结合。对配合物进行了量子化学计算研究,其计算结果与实验数据相符。

致谢

本论文得以完成,感谢唐豫媛对实验的指导,感谢国家自然科学基金及大学生创新项目的支持。

基金项目

国家自然科学基金(No. 21401151),四川省科技支撑计划(2015GZ0233),大学生国家创新项目(NO.201610613072)及省级创新项目(NO.2016099)。

参考文献

[1] Wang, X.F., Song, Q.S., Pan, Y., et al. (2016) Two New Cadmium Metal-Organic Frameworks Based on a Mixed-Donor Ligand. Chemical Research in Chinese Universities, 32, 539-544.
https://doi.org/10.1007/s40242-016-5489-8
[2] Chen, M.,Wang, Z.W., Sanudo, E.C., et al. (2014) Two Self-Interpenetrating Magnetic Mn(II) Metal-Organic Frameworks Assembled from Rigid or Flexible Tripodal Multicarboxylate Ligands. Inorganic Chemistry Communications, 43, 121-125.
https://doi.org/10.1016/j.inoche.2014.02.021
[3] 张江华, 吕英, 贾红亮, 等. 吲哚二甲川菁的合成, 晶体结构, 光谱性质及生物应用[J]. 高等学校化学学报, 2015, 36(10), 1924-1932.
[4] Gallego, A., Castillo, O., Gómez-García, C.J., et al. (2011) Electrical Conductivity and Luminescence in Coordination Polymers Based On Copper (I)-Halides and Sulfur-Pyrimidine Ligands. Inorganic Chemistry, 51, 718-727.
[5] Han, L., Bu, X., Zhang, Q., et al. (2006) Solvothermal in Situ Ligand Synthesis through Disulfide Cleavage: 3D (3,4)-Connectedand and 2D Square-Grid-Type Coordination Polymers. Inorganic Chemistry, 45, 5736-5738.
https://doi.org/10.1021/ic0608041
[6] 陈振峰, 王贤文, 黄凌, 等. 新法合成CU6(C5H4NS)6簇合物及其性质[J]. 应用化学, 2005, 22(11): 1268-1270.
[7] Kitagawa, S., Munakata, M., Shimono, H., et al. (1990) Synthesis and Crystal Structure of Hexanuclear Copper (I) Complexes of µ3-Pyridine-2-Thionate. Journal of the Chemical Society, Dalton Transactions, No. 7, 2105-2109.
https://doi.org/10.1039/DT9900002105
[8] 陈敬中. 现代晶体化学理论与方法[M]. 北京: 高等教育出版社, 2011.
[9] 祁景玉. X-射线结构分析[M]. 上海: 同济大学出版社, 2003.
[10] Sheldrick, G.M. (1997) SHELXS, Program for Crystal Structure Solution. University of Göttingen, Germany,.
[11] Sheldrick, G.M. (1997) SHELXL-97 Program for the Refinement of Crystal Structures. University of Göttingen, Germany.
[12] Frisch, M.J., Trucks, G.W., Schlegel, H.B., et al. (2008) Gaussian 03, Revision C.02.
[13] Becke, A.D. (1993) Density-Functional Thermochemistry. III. The Role of Exact Exchange. The Journal of Chemical Physics, 98, 5648-5652.
https://doi.org/10.1063/1.464913
[14] Lee, C., Yang, W. and Parr, R.G. (1988) Development of the Colle-Salvetti Correlation-Energy Formula into a Functional of the Electron Density. Physical Review B, 37, 785.
https://doi.org/10.1103/PhysRevB.37.785
[15] Vrkic, A.K., Taverner, T., James, P.F. and O’Hair, R.A. (2004) Gas Phase Ion Chemistry of Charged Silver(I) Adenine Ions via Multistage Mass Spectrometry Experiments and DFT Calculations. Dalton Transactions, No. 2, 197-208.
https://doi.org/10.1039/b311656e
[16] Mulliken, R.S. (1955) Electronic Population Analysis on LCAO-MO Molecular Wave Functions. IV. Bonding and Antibonding in LCAO and Valence-Bond Theories. The Journal of Chemical Physics, 23, 2343-2346.
https://doi.org/10.1063/1.1741877
[17] 钟建莲, 陈建华, 李玉琼, 等. 硫铁矿晶体化学及前线轨道研究[J]. 广西大学学报, 2011, 36(3): 405-409.
[18] Wang, C.J., Wang, Y.Y., Ma, H.R., et al. (2006) A Novel Ligand N,N’-Di(2-Pyridyl)-2,4-diamino-6-phenyl-1,3,5- triazine(dpdapt) and Its Complexs: [Cu(dpdapt)Cl2] and [Cu(dpdapt)(NO3)(H2O)]∙NO3∙H2O[J]. Polyhedron, 25, 195- 202.
https://doi.org/10.1016/j.poly.2005.06.061
[19] Zhou, L.J., Luan, X.J., Wang, Y.Y., et al. (2006) Supramolecular Complexes Constructed with Carboxylate Cu(II) and 2-(2-Pyridyl)-Benzimidazole via Hydrogen Bonding. Journal of Coordination Chemistry, 59, 1107-112.