分子对接模拟太子参环肽B与VEGFA、HMGB1相互作用的研究
Study on the Interaction of Heterophyllin B and VEGFA, HMGB1 by Molecular Docking Simulation
DOI: 10.12677/HJBM.2021.114030, PDF,    国家自然科学基金支持
作者: 赵 立：福建中医药大学，福建 福州; 福建省中医药科学院，福建 福州；阚永军, 蒋畅：福建省中医药科学院，福建 福州；庞文生：福建中医药大学，福建 福州；胡 娟*：福建中医药大学，福建 福州; 福建中医药大学附属第二人民医院，福建 福州
关键词: 太子参环肽B；分子对接；VEGFA；HMGB1；Heterophyllin B； Molecular Docking； VEGFA； HMGB1
摘要: 目的：采用计算机模拟分子对接技术研究太子参环肽B (Heterophyllin B, HPB)与血管内皮生长因子A (vascular endothelial growth factor A, VEGFA)、高迁移率族蛋白1 (high mobility group box 1 protein, HMGB1)的相互作用关系。方法：利用PyRx软件中的Autodock Vina模块研究太子参环肽B与蛋白质之间的相互作用，并利用PyMOL进行构像分析和绘图。结果：模拟分析确定HPB与VEGFA，HPB与HMGB1靶标相互作用的功能区域，HPB与VEGFA活性位点氨基酸Tyr38、Glu86有氢键作用；HPB与HMGB1活性位点的氨基酸无氢键作用，相互间主要作用力为范德华力。结论：本研究分析了HPB与靶蛋白的相互作用关系，为探索其药效作用机制奠定基础。
Abstract: Objective: Computer simulation molecular docking technology was used to explore the relationships between Heterophyllin B with VEGFA, HMGB1. Method: the Autodock Vina module in PyRx software was used to study the interaction between Heterophyllin B and proteins and PyMOL was used to carry out its conformational analysis and plot. Result: The functional regions of interaction between HPB and VEGFA and HPB and HMGB1 targets were determined by simulation analysis. HPB had hydrogen bonding with amino acid Tyr38 Glu86 at the active site of VEGFA. There is no hydrogen bonding between HPB and HMGB1 active site amino acids, and the main interaction force is van der Waals force. Conclusion: This study analyzed the interactions between Heterophyllin B and its target proteins, which lay a theoretical basis for the exploration of the mechanisms of its effectiveness.
文章引用：赵立, 阚永军, 蒋畅, 庞文生, 胡娟. 分子对接模拟太子参环肽B与VEGFA、HMGB1相互作用的研究[J]. 生物医学, 2021, 11(4): 235-240. https://doi.org/10.12677/HJBM.2021.114030

参考文献

[1] Lu, F., Yang, H., Lin, S.D., et al. (2020) Cyclic Peptide Extracts Derived from Pseudostellaria heterophylla Ameliorates COPD via Regulation of the TLR4/MyD88 Pathway Proteins. Frontiers in Pharmacology, 11, Article No. 850. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
[2] 杨晗, 阚永军, 曾洁, 等. 太子参环肽提取物对LQIS-COPD大鼠动物模型的干预作用[J]. 中国民族民间医药, 2019, 28(1): 25-27.
[3] Pang, W., Lin, S., Dai, Q., et al. (2011) Antitussive Activity of Pseudostellaria heterophylla (Miq.) Pax Extracts and Improvement in Lung Function via Adjustment of Multi-Cytokine Levels. Molecules, 16, 3360-3370. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
[4] 庞文生, 胡娟, 白少伟, 等. 太子参环肽类提取物及在制备治疗COPD药物中的应用[P]. 2016-05-11.
[5] 林泗定, 戴启文, 张鸿程, 等. 太子参化学成分和生物活性研究进展[J]. 中国民族民间医药, 2010, 19(19): 33-34.
[6] 吴刚. 慢性阻塞性肺疾病患者血清基质金属蛋白酶、VEGF水平的变化及其临床意义[J]. 临床肺科杂志, 2018(1): 79-83.
[7] 王璐, 陈芳, 徐志波, 等. 保肺定喘汤对COPD大鼠气道重塑中VEGF及受体R1、R2的影响[J]. 中华中医药杂志, 2015, 30(10): 3647-3650.
[8] Westergren-Thorsson, G., Bagher, M., Andersson-Sjoland, A., et al. (2018) VEGF Synthesis Is Induced by Prostacyclin and TGF-Beta in Distal Lung Fibroblasts from COPD Patients and Control Subjects: Implications for Pulmonary Vascular Remodelling. Respirology, 23, 68-75. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]
[9] 郭欣, 梅晓冬. HMGB1在COPD中的研究新进展[J]. 临床肺科杂志, 2014, 19(9): 1686-1688.
[10] 侯嘉, 马伟荣, 刘洁, 等. 慢性阻塞性肺疾病患者肺组织和血清HMGB1的表达及与TNF-α和IL-1β的相关性[J]. 中国老年学杂志, 2014(18): 5064-5066.
[11] Yun, B.H., Kim, S., Chon, S.J., et al. (2021) High Mobility Group Box-1 Promotes Inflammation in Endometriotic Stromal Cells through Toll-Like Receptor 4/Nuclear Factor-Kappa B. American Journal of Translational Research, 13, 1400-1410.
[12] 李洋, 夏厚林, 周厚琴, 等. 基于分子对接技术预测人面子叶中黄酮成分抗菌作用靶点[J]. 中国医院用药评价与分析, 2016(10): 1303-1307.
[13] 李婧, 马小兵, 沈杰, 等. 基于文献挖掘与分子对接技术的抗新型冠状病毒中药活性成分筛选[J]. 中草药, 2020, 51(4): 845-850.
[14] 宋向岗, 周威, 陈超, 等. 基于分子对接方法的川芎治疗脑缺血的物质基础及分子机制研究[J]. 中国中药杂志, 2015, 40(11): 2195-2198.
[15] 张煜卓, 戚涵姝, 谷笑雨, 等. 分子对接在药物虚拟筛选中的应用进展[J]. 广州化学, 2017(6): 62-67.
[16] 王雪洁, 林志健, 张冰, 等. 菊苣小分子化合物对黄嘌呤氧化酶抑制作用的分子对接研究[J]. 中国中药杂志, 2015, 40(19): 3818-3825.

为你推荐