基于网络药理学探讨“桂枝–白芍”改善心力衰竭的作用机制
To Discuss the Mechanism of Action of “Guizhi-Paeonia Alba” in Improving Heart Failure Based on Network Pharmacology
DOI: 10.12677/acm.2024.1482218, PDF, HTML, XML,   
作者: 闫俊辰:黑龙江中医药大学研究生院,黑龙江 哈尔滨;郭丹丹*:黑龙江中医药大学附属第二医院心内一科,黑龙江 哈尔滨
关键词: 桂枝芍药心力衰竭网络药理学Cinnamon Branch Peony Heart Failure Cyber Pharmacology
摘要: 目的:采用网络药理学的思路及方法探讨“桂枝–白芍”改善心力衰竭的作用机制。方法:使用中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取“桂枝–白芍”主要活性成分和作用靶点,Cytoscape 3.10.0软件进行可视化处理,利用GeneCards数据库筛选心力衰竭已知的治疗靶点,使用Venny平台进行中药和疾病的共同基因筛选,借助String数据库建立蛋白质互作网络图谱(PPI),利用仙桃学术,进行基因本体(GO)富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出“桂枝–白芍”共39种活性成分,892疾病靶点,PPI显示共42个节点及300个边,5个关键靶点:TNF、AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3。GO富集分析显示“桂枝–芍药”可通过调节氧反应改善心力衰竭,KEGG富集分析显示“桂枝–芍药”的治疗作用可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号传导途径、脂质和动脉粥样硬化等相关。
Abstract: Objective: To explore the mechanism of action of “Guizhi-Paeonia Alba” in improving heart failure by using the ideas and methods of network pharmacology. Methods: The TCMSP database of TCMS was used to obtain the main active components and targets of “Guizhi-Paeonia Alba”, Cytoscape 3.10.0 software was used for visualization, the GeneCards database was used to screen the known therapeutic targets of heart failure, the Venny platform was used to screen the common genes of TCM and diseases, and the protein interaction network map (PPI) was established with the help of String database. Gene Ontology (GO) enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis were performed. Results: A total of 39 active ingredients, 892 disease targets, 42 nodes and 300 edges, and 5 key targets: TNF, AKT1, PTGS2, PPARG, and CASP3 were screened out by PPI. GO enrichment analysis showed that “Guizhi-Paeoniae” could improve heart failure by regulating oxygen response, and KEGG enrichment analysis showed that the therapeutic effect of “Guizhi-Paeoniae” may be related to AGE-RAGE signaling pathway, HIF-1 signaling pathway, lipid and atherosclerosis in diabetic complications.
文章引用:闫俊辰, 郭丹丹. 基于网络药理学探讨“桂枝–白芍”改善心力衰竭的作用机制[J]. 临床医学进展, 2024, 14(8): 317-325. https://doi.org/10.12677/acm.2024.1482218

1. 引言

心力衰竭(Heart failure, HF)作为心血管病(Cardiovascular disease, CVD)的终末期,表现为心脏结构或功能改变导致射血功能减低,机体能量代谢不足的失代偿状态。据报道,我国现有心衰患者890万人[1],不仅影响居民生活水平,更加重了社会经济负担。HF在中医学中属“心水”“心胀”“喘证”等范畴,主要病机为心阳气虚,血瘀痰饮内生,属本虚标实之证,临证中常予真武汤、血府逐瘀汤等温阳利水、活血化瘀。

《难经·十四难》首次提出“损其心者,调其营卫”,其表明心脏功能受损,可通过调补营卫恢复心脏正常生理功能。目前已有学者将此理论应用于治疗冠状动脉粥样硬化[2]、心律失常[3]、心脏神经症[4]、病毒性心肌炎[5]等疾病,但用于HF的研究较少。因此,本文主要通过网络药理学分析,探讨调和营卫经典药对“桂枝–白芍”的药效活性成分及潜在作用靶点,阐明“桂枝–白芍”改善心力衰竭的分子机制。

2. 网络药理学分析

2.1. 材料与方法

2.1.1. 桂枝–白芍活性成分的筛选及靶点预测

运用中药系统药理学分析平台TCMSP数据库(https://tcmsp.91medicine.cn/#/home)对桂枝(Cinnamomi ramulus)、白芍(Paeoniae Radix Alba)进行检索,获得桂枝–芍药的主要化学成分,并依据其口服生物利用度(OB)和类药性(DL)作为筛选条件对其化学成分进行筛选,选取OB ≥ 20%、DL ≥ 0.1的成分为“桂枝–白芍”治疗心力衰竭的主要活性成分。并将TCMSP数据库获得主要活性成分的靶蛋白英文名导入蛋白质数据库(Uniprot, https://www.uniprot.org/),收集相关靶点基因符号,并导入Cytoscape 3.10.0软件进行可视化处理。

2.1.2. 心力衰竭相关靶点预测

使用关键词“Heart Failure”在GeneCards数据库(http://www.genecards.org)中进行检索,筛选出潜在靶点,利用中位数筛选,以获取心力衰竭的基因靶点。

2.1.3. 构建“中药–疾病”交集靶点数据库

将“桂枝–白芍”及“心力衰竭”相关靶点导入Excel软件,利用VLOOKUP函数获取交集靶点基因,并使用韦恩图制作工具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/)进行可视化呈现。

2.1.4. 蛋白互作网络的构建分析

将筛选出交集靶点基因导入String数据库(https://cn.string-db.org/),将物种设置为“Homo sapiens”,最小互作阈值设置为“medium confidence (0.400)”,得到相应蛋白互作网络(PPI)并保存TSV格式数据文件,并导入Cytoscape 3.10.0软件进行处理,并根据度值(Degree)确定核心靶点蛋白。

2.1.5. 基因本体(GO)富集与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析

将2.1.3中所获得交集靶点基因通过仙桃学术(https://www.xiantaozi.com/),物种选择“人源(Homo sapiens)”进行GO和KEGG信号通路富集分析,并在仙桃学术中进行可视化分析,得到相关细胞组成(Cellular Component)、分子功能(Molecular Function)以及生物过程(Biological Process)数值。

3. 结果

3.1. “桂枝–白芍”药效成分筛选及靶点预测

本研究利用TCMSP数据库,依据OB ≥ 20%、DL ≥ 0.1为筛选标准共获得“桂枝–白芍”药效成分59种,其中桂枝34种,白芍25种,经剔除未筛查到的靶点,最终获得药效成分39种,其中有6种重复成分:豆甾烯基吡喃葡萄糖苷(Sitogluside)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、谷固醇(sitosterol)、儿茶素(catechin)、α-雪松烯(alpha-cedrene)、酞酸丁酯(DBP),表1为成分筛选后的结果,图1为有效成分及作用靶点网络。

Table 1. Screening results of pharmacodynamic components of “Cinnamon Branch-White Paeoniae”

1. “桂枝–白芍”药效成分筛选结果

序号

化合物

OB(%)

DL

来源

1

ST069309

24.02

0.38

桂枝

2

DMEP

55.66

0.15

3

1,2-Dibenzoylethane

57.97

0.12

4

WLN: RVO2R

31.04

0.1

5

(-)-taxifolin

60.51

0.27

6

ELD

31.2

0.14

7

YW1

82.33

0.12

8

copaene

24.08

0.12

9

()-alpha-Longipinene

57.47

0.12

10

(-)-Caryophyllene oxide

32.67

0.13

11

ent-Epicatechin

48.96

0.24

12

α-Longipinene

53.26

0.12

13

DIBP

49.63

0.13

14

EIC

41.9

0.14

15

()-Aromadendrene

55.74

0.1

16

beta-Cubebene

32.81

0.11

17

(-)-Epoxycaryophyllene

35.94

0.13

18

oleic acid

33.13

0.14

19

Hepanal

53.83

0.1

20

58870_FLUKA

49.01

0.1

21

(−)-Alloaromadendrene

54.04

0.1

22

phytol

33.82

0.13

23

copaene

29.47

0.12

24

taxifolin

57.84

0.27

25

YW2

55.17

0.13

26

()-alpha-Funebrene

49.41

0.1

27

Sitogluside

20.63

0.62

共有

28

beta-sitosterol

36.91

0.75

29

sitosterol

36.91

0.75

30

(+)-catechin

54.83

0.24

31

(-)-alpha-cedrene

55.56

0.1

32

DBP

64.54

0.13

33

Methyl linolelaidate

41.93

0.17

白芍

34

paeoniflorgenone

87.59

0.37

35

YW3

43.56

0.53

36

paeoniflorin

53.87

0.79

37

Mairin

55.38

0.78

38

oleanolic acid

29.02

0.76

39

kaempferol

41.88

0.24

YW1: 1H-Cycloprop(e)azulen-7-ol, decahydro-1,1,7-trimethyl-4-methylene-, (1aR-(1aalpha,4aalpha,7beta,7abeta,7balpha))-; YW2: 1,2-Benzenedicarboxylicacid, mono(2-ethyl) hexylester;

YW3: (3S, 5R, 8R, 9R, 10S, 14S)-3,17-dihydroxy-4,4,8,10,14-pentamethyl-2,3,5,6,7,9-hexahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-15,16-dione.

Figure 1. Active ingredient and target network of “Guizhi-Paeonia alba”

1. “桂枝–白芍”有效成分及作用靶点网络

3.2. 心力衰竭相关靶点预测

使用关键词“Heart Failure”在GeneCards数据库中进行检索,共获得15,687个疾病靶点,利用中位数筛选,共选取892个疾病靶点。

3.3. 建立“中药–疾病”交集靶点数据库

将药物靶点和疾病靶点取交集后,构建VENNY图(见图2),“桂枝–芍药”与心力衰竭存在44个交集基因靶点:C3、TNF、CRP、MMP1、HMGCR、CAT、APOB、ERBB2、SERPINE1、MPO、EDN1、INSR、ADRB2、CHRM2、NR3C2、ADRB1、CYP3A4、F7、HMOX1、AR、CETP、SELE、PRKACA、ADRA2C、VCAM1、BDNF、SLC6A2、NOS3、SLC6A4、AKT1、NOS2、PTG、PPARG、CASP3、XDH、PIK3CG、MTTP、UCP2、BAX、PPARA、PDE3A、SCN5A、PON2、PTPN22。

Figure 2. Intersection target of “Guizhi-Paeonia alba” and heart failure

2. “桂枝–白芍”与心力衰竭交集靶点

3.4. 蛋白互作网络的构建分析

将“桂枝–白芍”和心力衰竭的共同靶点导入String数据库,将物种设置为“Homo sapiens”,最小互作阈值设置为“medium confidence (0.400)”,去除不相关联节点,结果共42个节点及300个边,平均节点度为14.28,得到PPI互构网络(见图3),并依据Degree值选取前5个为关键靶点:TNF、AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3。

Figure 3. PPI network diagram of the intersection of Guizhi-Paeonia alba and heart failure

3. “桂枝–白芍”与心力衰竭交集靶点PPI网络图

3.5. 基因本体(GO)富集与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析

通过仙桃学术对所获得的44个“桂枝–白芍”与心力衰竭的共同靶点进行富集分析(见图4)。GO富集分析结果显示:BP与response to decreased oxygen levels (氧水平降低的反应)、response to oxygen levels (对氧水平的反应)、response to hypoxia (对缺氧的反应)等1759条通路相关;CC与membrane raft (膜筏)、membrane microdomain (质膜微区)、plasma membrane raft (质膜筏)等44条通路相关;MF与heme binding (血红素结合)、tetrapyrrole binding (四吡咯结合)、G protein-coupled amine receptor activity (G蛋白偶联胺受体活性)等83条通路相关。

“桂枝–白芍”治疗心力衰竭在KEGG生物学通路中富集了共计108个通路,排名前10为AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications (糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路)、HIF-1 signaling pathway (HIF-1信号传导途径)、Lipid and atherosclerosis (脂质和动脉粥样硬化)、Regulation of lipolysis in adipocytes (脂肪细胞脂解的调控)、cAMP signaling pathway (环腺苷酸信号途径)、TNF signaling pathway (TNF信号通路)、cGMP-PKG signaling pathway (cGMP-PKG信号通路)、Longevity regulating pathway (寿命调节通路)、Fluid shear stress and atherosclerosis (流体剪切力与动脉粥样硬化)、Non-alcoholic fatty liver disease (非酒精性脂肪肝(NAFLD))。

Figure 4. GO enrichment analysis and KEGG enrichment analysis of Guizhi-Paeonia Alba in the treatment of heart failure

4. “桂枝–白芍”治疗心力衰竭的GO富集分析及KEGG富集分析

4. 讨论

心力衰竭作为各种心脏疾病的终末阶段,是一种多种因素疾病,受遗传易感性和环境因素复杂相互作用的影响[6]。HF在中医学中属“心水”“心胀”“喘证”等范畴,属本虚标实之证,本虚即气虚、阴虚、阳虚;标实及瘀血、痰湿、水饮,且气虚、血瘀贯穿整个疾病过程。“桂枝–白芍”作为调和营卫的经典药对,广泛应用于内科疾病,和合阴阳以恢复脏腑功能,目前已有学者结合临床体会,表明“调和营卫”法在应用于气虚血瘀证[7]、痰饮阻肺证[8]、阳虚水泛证[9]心力衰竭治疗时,收效显著。

中医药作为中华民族的瑰宝,已有几千年的历史,可通过多途径、多靶点改善心衰症状、心脏功能和提高生活质量方面具有独特优势[10],但其具体机制很难阐明。网络药理学作为一种通过整合系统生物学、计算机生物学,多角度、多层次、系统地阐明中药复方与疾病的关联的方法[11],可为中医药系统深入研究提供科学依据。

本研究结果表明,“桂枝–白芍”与心力衰竭(HF)交集靶点共有44个,通过String数据库构建的PPI网络图可以展示蛋白质之间的非线性复杂关系,其核心靶点为TNF、AKT1、PTGS2、PPARG、CASP3。肿瘤坏死因子(TNF)能够影响脂代谢环节、增加黏附分子的表达、提高血小板黏附性[12],破坏内皮细胞稳定性,诱发炎症反应[13],TNF有TNF-α和TNF-β两种亚型,且心力衰竭患者体内TNF-α明显升高,TNF-α高表达可影响线粒体功能,引发心肌细胞能量代谢障碍,从而加重心衰[14],有学者发现苓桂术甘汤可明显减低心衰患者体内TNF-α含量,减轻炎症反应,改善心功能[15]。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt)有3种亚型基因(Akt1、Akt2、Akt3),是磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)信号转导通路的主要下游效应因子,其可通过与关键的干性转录因子相互作用,调节细胞的自我更新[16],AKT1可作用于血管平滑肌细胞(VSMCs),通过抑制FOXO3α和GSK3β防止细胞凋亡[11],有学者发现参芪益心颗粒可提高心衰患者体内AKT蛋白表达,调节细胞凋亡和增殖,改善心衰症状[17]。PTGS2又称环氧化酶-2 (cyclooxygenase-2, COX-2),参与花生四烯酸向前列腺素的转化,并在炎症过程中表达[18],且COX-2缺陷常会导致心肌细胞能量代谢失常[19],有学者发现苓桂术甘汤内肉桂酸可通过降低PTGS2表达,抑制心肌细胞氧化应激,改善心功能[10]。PPARG基因位于人类3号染色体p25区域,可通过影响血脂水平,参与炎症反应,罹患心血管疾病[20]。Caspase3 (CASP3)是细胞凋亡过程中的关键靶点,CASP3升高常见于心肌缺血、心肌病、心力衰竭等[21],有研究表明芒柄花素可通过抑制HSP90的表达,促进AKT磷酸化,降低CASP3的表达,减少心肌细胞凋亡,改善心肌组织损伤[22],有学者发现真武汤可明显降低心力衰竭大鼠体内Caspase3含量,减轻心衰大鼠心肌细胞凋亡及心肌病理改变,增强HF大鼠心肌收缩力,进而延缓大鼠心衰进程[23],亦有学者发现柴胡三参胶囊可通过调控PI3K/Akt和p38MAPK通路,调低Caspase3的表达,抑制氧化应激和细胞凋亡,改善阿霉素诱导的心脏毒性[24]

综上所述,本研究基于网络药理学构建“桂枝–白芍”网络、PPI网络预测“桂枝–白芍”的核心有效成分及作用靶点,但本研究并未衡量其在配伍中的含量及相互作用等问题,存在一定的局限性,但为临床和实验研究提供了大致的参考方向。

NOTES

*通讯作者。

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